不能用工资抵扣取回身份证，此行为违法。依据《劳动合同法》等，身份证不得被扣押，拖欠工资应依法追讨。不及时处理可能导致权益受损，如工资无法追回、身份被盗用等。
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处理此问题常见方式为投诉、仲裁、诉讼。应先向劳动保障监察机构投诉，若无果则申请劳动仲裁，仍不服可提起诉讼。选择方式需根据具体情况和证据充足程度决定。
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不能抵扣，应追讨。操作如下：首先向劳动保障监察机构投诉，说明情况；若无果，向劳动争议仲裁委申请仲裁，提交证据；不服仲裁结果可向法院起诉，要求判决。同时，可报警要求返还身份证。