对于后期加入的投资，其股份计算是基于出资额与资本总额的比例。按照《公司法》的规定，股东的权益和责任受限于其认缴或认购的出资额，因此精确的股份计算至关重要，以避免权益冲突和责任不明确。
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后期投资入股的股份分配，首要考虑的是实缴出资比例。但股东间也可通过协议制定不同的分配方式，这些方式的决定应结合公司的发展战略、新股东的贡献以及市场环境等因素全面考量。
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新投资者计算股份比例的方法包括：

1. 根据标准算法，持股比例等于出资额除以注册资本。当新股东投入资金或其他经评估的非货币财产时，直接按照其在公司注册资本中的占比确定持股比例。
2. 在特定情况下，公司可能会根据新股东带来的资源、技术或市场渠道等额外价值，与其协商一个不同于标准算法的持股比例。这种协商必须得到全体股东的一致同意，并确保符合相关法律法规的规定。

强调一点，无论采用何种方法计算股份，都必须确保所有股东的权益得到平等保护，新股东的出资必须真实、合法、有效。同时，所有股东都应遵守公司章程以及《中华人民共和国公司法》等法律规定，共同维护公司的稳定和发展。